El Programa de Posgrado en Epidemiología de la Facultad de Medicina de la Universidad Federal de Pelotas (UFPel) se estableció en 1991 por un grupo de profesores (Maestros y Doctores) de la UFPel que llevaban una década dedicados a la investigación epidemiológica. Este grupo también fundó el Centro de Investigaciones Epidemiológicas (CPE), responsable de numerosos estudios importantes. Debido a la reconocida experiencia del grupo, especialmente en investigaciones poblacionales, hubo un considerable interés entre los profesionales de la salud y académicos en obtener calificaciones académicas. En respuesta a esta demanda y al deseo de expandir el conocimiento, los profesores concibieron y establecieron el Programa de Posgrado en Epidemiología (PPGEpi).
El Programa de Maestría en Epidemiología de la UFPel obtuvo una calificación ‘A’ en su evaluación inicial en 1995 por la Agencia Brasileña de Apoyo y Evaluación de la Educación de Posgrado (CAPES/MEC, por sus siglas en portugués). Tras este éxito, el programa recibió la autorización CAPES para lanzar el Programa de Doctorado en Epidemiología en 1997, que comenzó al año siguiente con un cuerpo docente ampliado de profesores con doctorado.