O PPGEpi está instalado no prédio do Centro de Pesquisas em Saúde Dr. Amílcar Gigante, utilizando dependências interligadas entre dois prédios: o prédio central e a Clínica Médica de Pesquisa em Saúde Coletiva.

Anexa ao prédio central, em área de 1,3 mil metros quadrados, a Clínica Médica de Pesquisa em Saúde Coletiva dispõe de infraestrutura única no país para a operacionalização de pesquisas de base populacional na área da saúde. Especialmente projetada para realização de sofisticados exames de saúde dos participantes de pesquisas, coleta de dados e condução de entrevistas, o local subdivide-se em dois pavimentos. O primeiro piso destina-se ao atendimento do público e o segundo, às estruturas de apoio das atividades da clínica.

No primeiro piso, encontram-se o saguão, a recepção e salas destinadas a exames de Avaliação da Composição Corporal, Saúde Mental e níveis de Atividade Física, além de salas para coleta de materiais biológicos e entrevistas.

As estruturas de apoio no segundo piso incluem laboratórios de análises, salas administrativas de pesquisa e um anfiteatro equipado com recursos tecnológicos modernos.